Neue open-source-software Richter Genauigkeit von computer-Vorhersagen von Krebs-Genetik

Krebserkrankungen sind oft aus vielen Zellen, die sich genetisch zu einander. Diese genetischen Unterschiede bedeuten, kann der Krebs besonders anfällig oder resistent gegen eine Behandlung. Als Ergebnis, die Identifizierung dieser Varianten kann helfen, ärzte entscheiden, welche Behandlung am ehesten erfolgreich sein, die für einen spezifischen Patienten.

Weil einfache klinische Methoden zur überprüfung der genetischen variation anfällig sind, fehlt eine Menge von Zell-zu-Zell-Variabilität, den letzten computer-tools wurden entwickelt, um vorherzusagen und zu charakterisieren, die genetische Vielfalt innerhalb der klinischen Tumorproben. Es gibt jedoch keine bestehenden gemeinsamen benchmarking-Ansatz, um zu bestimmen, die genaue rechnerische Methoden.

Die Studie, veröffentlicht in der Natur-Biotechnologie, entwickelt open-source-software, die verwendet werden können, um zu beurteilen, die Genauigkeit von computer-Vorhersagen und der Etablierung dieser benchmark.

Das team entwickelt ein Simulations-framework und scoring-system, um zu bestimmen, wie genau jeder Algorithmus vorhergesagt werden verschiedene Maßnahmen der genetischen Vielfalt. Diese enthalten: der Anteil von Krebszellen in der Tumor-Probe; die Anzahl der genetisch unterschiedlichen Gruppen von Krebszellen in der Tumor-Probe; der Anteil der Zellen innerhalb jeder dieser Gruppen; welche genetischen Mutationen waren in jeder Gruppe; und die genetische Beziehung zwischen den Gruppen.

„Unsere neue framework bietet eine Grundlage, die im Laufe der Zeit, wie es ausgeführt wird und mehr Tumoren, wird hoffentlich ein viel-gebraucht, neutral, gold-standard-benchmarking-tool zur Bewertung von Modellen, die darauf abzielen, die Charakterisierung eines Tumors die genetische Vielfalt“, sagt joint-lead Autor Maxime Tarabichi, postdoc in der Krebs Genomics-Labor an der Crick.

Die Forscher bauen auf einem vorhandenen computer-software zu generieren und zu analysieren, die 580 Vorhersagen, die in dieser Forschung, neue Funktionen in die software zum erstellen realistischer Tumoren. Diese Tumor-Simulations-software und die Markierung, die Rahmen sind öffentlich zugänglich für andere Forscher zu verwenden, entweder direkt oder zu helfen, entwickeln Ihre eigenen scoring-framework.